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工业微波杀菌设备是微波加热技术功能的延伸，表现为微波与生物体及其组成的基本单元—细胞之间相互作用后，生物体的细胞生理活动变化和反映。
同样杀菌温度下，工业微波杀菌设备所需的杀菌时间短；在相同杀菌条件下，细菌致死的温度比较低，能同时对被杀菌物料表里实施整体杀菌，极大地缩短了杀菌周期，并保证杀菌工艺地一致性。
微波对生物体作用地结果，生物体作为极性介质吸收微波能量后产生两种效应：热效应和非热效应（也称生物效应）。微波对生物体地热效应是生物体的蛋白质产生热变性而凝固（>50℃）的现象。其后果对于细菌来说将致死，这是巴氏杀菌的理论基础。就微波对生物体的热效应而言，这一点与巴氏杀菌效果是相同的。但工业杀菌微波设备对生物体的影响远不止于此。
工业微波杀菌设备对生物体相互作用具有双向性，如果微波剂量超过生物体耐热阙值，都将对生物体造成伤害。但如果低于阙值，微波辐射对生物体的生理活动却能起到激活、催化作用。工业杀菌微波设备的物理环境有两个；一是热力的温度场，另一为电磁力的、频率很高的电磁场。是两种物理场对微生物作用，其中以电磁力场杀菌为主导作用。
工业微波杀菌设备能对物料的表面和内部进行同时的杀菌。物料各部位杀菌的同时性，为缩短总杀菌时间，工业杀菌微波设备提高杀菌质量提供了有利条件，能避免因长时间加热杀菌影响食品品质、口感等。
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